Mengenai Perbedaan Syiah dan Sunni, Imam Khomeini berpendapat sebagai berikut:
Jika terjadi suatu perselisihan di antara bangsa Iran dan bangsa-bangsa lain, atau di antara saudara Sunni dan Syiah, itu akan merugikan kita semua, semua umat muslim. Orang-orang yang ingin menyebabkan perpecahan bukan Syiah ataupun Sunni. Mereka adalah para pemimpin Adi Kuasa dan mereka yang sedang melayaninya. Orang-orang yang mencoba menciptakan perpecahan di antara saudara Sunni dan saudara Syiah kita, adalah kelompok-kelompok yang menyusun rencana diam-diam dengan musuh Islam. Mereka ingin membantu musuh-musuh Islam untuk mengalahkan umat Muslim. Mereka adalah para pengikut Amerika, dan sebagian adalah pengikut USSR. Umat Muslim, di mana pun mereka berada harus sadar bahwa perpecahan di antara suatu negeri di ujung terjauh dunia dan negeri lain di ujung dunia yang lain, tidak berarti perselisihan lokal.
Dunia hari ini tidak seperti yang sebelumnya. Ia tidak akan merupakan soal yang menyangkut bagian dunia yang itu saja. Jika ada perselisihan di antara kalian saudara di Iran, itu akan menjadi perhatian seluruh dunia, dan jika ada perselisihan para saudara Iran dan saudara Irak, yaitu, bangsa Irak, ia merupakan soal yang menyangkut seluruh dunia, bukan soal lokal di antara Iran dan Irak saja. Hal itu dipertimbangkan di seluruh dunia, karena ada orang-orang di dunia yang ingin menaruh keuntungan-keuntungan dunia di kantongnya sendiri dan memaksakan pengendalian mereka ke seluruh dunia, mereka mengeksploitasi segala perpecahan yang mungkin terjadi di antara saudara Syiah dan saudara Sunni di Iran. Demikian pula, jika terjadi perselisihan dintara saudara Iran kita dan dan saudara-saudara yang ada di Pakistan, mereka juga mengekploitasi situasi itu.
Kita harus bangun dan tahu bahwa pertimbangan ilahi mengatakan: “Orang-orang beriman itu sesungguhnya bersaudara” (Surah al-Hujurat: 10). Di antara mereka tidak ada selain persaudaraan, dan mereka diwajibkan untuk bertingkah laku secara persaudaraan. Membuat semua bangsa Muslim yang berjumlah hampir satu milyar saling bersaudara satu sama lain adalah suatu nilai politis, bila itu terjadi tidak ada kejahatahan yang akan menimpa mereka dan tidak ada kekuatan Adi Kuasa yang akan melampaui mereka.
Wahai saudaraku! Perhatikan hal ini! Mengenai Keharusan Menghindari Segala Perselisihan Sekelompok Muslim adalah Syiah, sekelompok Muslim adalah Sunni, sekelompok adalah Hanafi , sekelompok adalah Hanbali, sekelompok adalah Akhbari. Pada dasarnya sejak awal kelirulah mengusulkan ide seperti itu. Dalam suatu masyarakat di mana semua orang ingin mengabdi pada Islam dan ada untuk Islam, hal-hal demikian tidak boleh diusulkan. Kita semua bersaudara dan bersama-sama. Hanya karena ulamamu mengeluarkan sekumpulan fatwa dan kamu mengikutinya dengan cara meniru, maka kamu menjadi Hanafi . Kelompok yang lain menjadi Shafi’i dan mengikutinya.
Kelompok lain lagi mengikuti fatwa Imam Sadiq dan menjadi Syiah. Ini tidak boleh menjadi penyebab perbedaan. Kita tidak boleh mempunyai perbedaan atau kontradiksi apa pun. Kita semua adalah saudara. Saudara Syiah dan Sunni harus menghindari segala perbedaan. Hari ini, perbedaan-perbedaan kita diinginkan oleh orang-orang yang tidak menganut Syiahisme maupun pada Hanafi atau pada madzhab-madzhab lain. Mereka menginginkan yang ini atau yang itu tidak ada. Cara mereka adalah menyebabkan perbedaan di antara kita. Kita harus menyadari bahwa kita semua adalah Muslim, pengikut Alquran dan tauhid, dan kita harus bekerja keras untuk Alquran dan mengabdi kepada tauhid.
Mengenai Kerjasama Umat Islam Imam Khomeini berkata:
Mereka mencoba dengan sia-sia untuk menciptakan perpecahan. Umat Muslim adalah saudara dan tidak akan dipecah-pecah oleh propaganda jahat dari beberapa unsur yang korup. Asal-usul persoalan mengenai Syiah dan Sunni, yang satu di sisi satunya dan yang lain di sisi yang lain, disebabkan oleh ketaktahuan dan oleh propaganda yang diusahakan oleh pihak asing. Mereka bahkan menyebabkan perpecahan di kalangan Syiah sendiri. Mereka juga melakukan hal yang sama di kalangan madzhab-madzhab Sunni, mengadu domba kelompok yang satu dengan yang lain. Hari ini semua madzhab Muslim sedang menghadapi kekuatan-kekuatan setan yang ingin menumbangkan Islam karena mereka tahu bahwa apa yang dapat membahayakan mereka adalah Islam, dan bahaya terbesar adalah kesatuan bangsa- bangsa Muslim.
Hari ini adalah hari ketika umat Muslim di seluruh dunia harus bersatu. Hari ini bukan hari untuk suatu kelompok di suatu tempat berkata: “Hanya kita”. Hari ini adalah hari ketika semua bersatu berdasarkan aturan Islam dan Penilaian Alquran. Mereka tidak berselisih. Perselisihan di kalangan Muslim, dalam bentuk apa pun, dilarang oleh Alquran. Perselisihan akan membuat mereka gagal dan menghapus kualitas-kualitas menarik dari manusia dan bangsa. Ini adalah perintah Allah, sang Pemurah.
Orang-orang yang mencoba menciptakan perpecahan, tetapi mengklaim sebagai Muslim, belum menemukan Islam yang Kitabnya adalah Alquran, Islam yang qiblahnya adalah Ka`bah. Mereka tidak percaya pada Islam. Orang-orang yang percaya pada Islam adalah orang-orang yang menerima Alquran dan isinya, isi yang mengatakan: “Orang-orang beriman sesungguhnya bersaudara”. Karena itu mereka harus mematuhi apa yang diperlukan persaudaraan. Persaudaraan menghendaki bahwa jika kemalangan terjadi kepadamu semua saudara yang lain, di mana pun berada, harus bersimpati kepadamu. Jika kamu bahagia, semuanya juga bahagia.
Dengan kata lain, umat Muslim percaya kepada Allah yang sama, nabi Muahammad yang sama dan Alquran yang sama jadi mengapa harus ada perbedaan, konflik dan kekerasan melawan satu sama lain? Sebaiknya harus ada toleransi antar-religius, penghargaan kepada keberagaman dan dialog. Oleh karena itu, kaum ulama, yang merupakan anggota berpengaruh di masyarakat dan juga penjaga Islam, mempunyai pengaruh langsung pada komunitas Muslim mulai dari desa hingga negeri, diharapkan bertindak secara bertanggung jawab dan harus menjadi sumber untuk pembangunan kesatuan bukan perpecahan. Di sisi lain, para akademisi perlu melakukan hal yang sama di bidang pendidikan untuk pembentukan kesatuan pikiran, pemikiran dan masyarakat Muslim ditengah-tengah keberagaman.
Realitas sekarang ini bahwa dunia Muslim adalah korban terorisme baik dari luar maupun dari dalam. Hal ini sebagain besar disebabkan oleh campur tangan pihak luar dalam dunia Muslim dan juga perpecahan Muslim. Hanya tekad Muslim kepada kesatuan agama dan ummah dan bekerja untuk memajukan ummatan Muhammadan yang dapat mempersiapkan kita untuk menghadapi dan mengalahkan terorisme.
Ruhollah Khomeini and Hamid Algar, Islam and Revolution: Writings and Declaration of Imam Khomeini (Berkeley, CA: Mizan Press, 1981) yang dikutip dari buku Sejarah dan Budaya Syiah di Asia Tenggara.