حرکت علمی و اجتماعی امام باقر علیه‌السلام را می‌توان نقطه‌عطفی دانست که در میانه‌ی تلاطم‌های سیاسی و تخریب ارزش‌ها به بازسازی فکری و اجتماعی امت اسلام انجامید.

در دوران مروانیان که ارزش‌ها اسلامی رو به زوال رفته بود و انحطاط فرهنگی گریبان جامعه اسلامی را گرفته بود؛ در دورانی که آموزه‌ها و هنجارهای دینی در معرض تحریف و فراموشی قرار داشت؛ امام باقر (ع) با درکی عمیق از خطرات زمانه، حرکت نوینی را آغاز کرد. او به‌جای واکنش‌های احساسی یا قیام مسلحانه، راه آموزش منظم و تربیت نسلی از نخبگان متعهد را برگزید تا از طریق دانش و اخلاق، بنیان‌های فکری و اجتماعی جامعه اسلامی را بازسازی کند. با تربیت شاگردان متعهد و شکل‌دادن به شبکه‌ای از عالمان، نقش اجتماعی و تمدنی مهمی در رشد جامعه اسلامی ایفا کرد. در مکتب او، علم با اخلاق و مسئولیت اجتماعی پیوند خورد و این میراث در نسل‌های بعدی تداوم یافت.

ایشان آموزش را فراتر از انتقال معلومات دید و آن را ابزاری برای تربیت انسان‌های مسئول و هدایت‌گر جامعه قرار داد. ایشان شاگردان را بر اساس استعداد به حوزه‌های تخصصی هدایت می‌کرد تا هر یک به‌عنوان مرجع در فقه، حدیث، تفسیر یا کلام عمل کنند؛ این رویکرد باعث شد علم به‌صورت شبکه‌ای در جامعه منتشر شود و نهادهای فکری شکل بگیرد. تربیت هدفمند، تخصصی‌سازی و تأکید بر اخلاق عملی از شاخصه‌های مکتب او بود.

بر اساس گزارش‌های تاریخی نه تنها با شاگردانش بلکه با مخالفانش نیز به گفتگو می‌نشست و آنها را از سرچشمۀ دانش خود سیراب می‌کرد. در همین رابطه نقل شده است که ابوحنیفه، فقیه بزرگ اهل سنت، در مدینه با امام محمد باقر(ع) دیدار و مباحثه‌ای علمی داشته است؛ این گفت‌وگو منزلت علمی امام در جامعه را نشان می‌دهد و بیانگر این است که چگونه مکتب او به گفت‌وگوی علمی میان اندیشمندان مختلف دامن زد. چنین مواجهاتی نه‌تنها به تبادل علمی انجامید، بلکه به تثبیت جایگاه اهل بیت به‌عنوان مرجع فکری در جامعه کمک کرد.

البته حرکت علمی آن امام تنها به ترویج دانش خلاصه نمی‌شد. ایشان علم را با اخلاق و مسئولیت اجتماعی پیوند زد؛ شاگردان او نه صرفاً راوی حدیث، بلکه عاملان تغییر اجتماعی و فرهنگی شدند. این نسل از عالمان، با تبیین معارف و پاسخ به پرسش‌های زمانه، به آرام‌سازی فضای فکری و جلوگیری از تحریف اسلام کمک کردند و زمینه‌ساز نهضت علمی گسترده‌تری در دوره‌های بعد شدند.

امام محمد باقر(ع) با روش آموزشی منظم، تخصصی و اخلاق‌محور، بنیان‌های مرجعیت علمی اهل بیت را تثبیت کرد و از طریق تربیت شاگردانی مانند زراره و جعفر بن محمد، تأثیر اجتماعی عمیقی بر رشد فکری و فرهنگی جامعه اسلامی گذاشت؛ میراثی که مانند درختی پربار و تنومند به ثمر نشست و در سده‌های بعدی به شکل‌گیری مکتب‌های فقهی و کلامی بزرگ انجامید.